เป็นพื้นที่ลุ่มน้ำท่วมขังดินส่วนใหญ่เป็นดินอินทรีย์ (Organic soil) ซึ่งเกิดจากการสลายตัวผุพังของซากพืชที่เน่าเปื่อย ทับถมเป็นชั้นหนา ถัดจากชั้นดินอินทรีย์ลงไปเป็นชั้นดินเลน รือตะกอนดินทะเลที่มีสารไพไรท์สะสมอยู่เป็นจำนวนมาก ซึ่งหากถูกทับกับอากาศจะปลดปล่อยกรดกำมะถันออกมา เป็นสาเหตุที่ทำให้ดินเปรี้ยวซึ่งพบมากบริเวณขอบพรุที่ถูกน้ำระบายออกไป พื้นที่พรุในจังหวัดนราธิวาส มีเนื้่อที่ 261,860 ไร่ เป็นพรุใหญ่ ๆ 2 แห่ง คือ พรุบาเจาะ ทางตอนเหนือของจังหวัดนราธิวาส มีเนื้อที่ 52,018 ไร่ และพรุโต๊ะแดง เนื้อที่ 187,040 ไร่ อยู่ทางทิศใต้ ลักษณะการใช้พื้นที่พรุแบ่งเขตการใช้ดินออกเป็น 3 เขต คือ
          เขตสงวน (Preservation zone) ยังคงสภาพสมบูรณ์ เป็นเขตที่ต้องดำเนินการรักษาไว้อย่างเข้มงวด เพื่อให้สภาพแวดล้อมมีการเปลี่ยนแปลงน้อยที่สุด และจัดเป็นเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่า เนื้อที่ 56,907 ไร่
          เขตอนุรักษ์ (Conservation zone) เ็ป็นป่าพรุเสื่อมโทรมจาการถูกทำลายบางส่วน เป็นเขตที่ได้ดำเนินการฟื้นฟูให้กลับเป็นเขตสงวนดังเดิม โดยการศึกษาวิจัย สำรวจหาพันธุ์พืชที่สามารถนำมาปลูกทดแทนได้อย่างเหมาะสม เนื้อที่ 109,938 ไร่
          เขตพัฒนา (Development zone) พื้นที่ส่วนนี้ถูกระบายน้ำออกไป และป่าถูกทำลายเพื่อนำไปใช้ในการเกษตร และเป็นที่อยู่อาศัย เป็นเขตที่กำหนดให้หน่วยงานต่าง ๆ เข้าร่วมดำเนินการพัฒนาพื้นที่ โดยค้นคว้า วิจัย หาแนวทางในการปรับปรุงแก้ไข และจัดการดินในพื้นที่พรุ เนื้อที่ 95,015 ไร่